Der Stiftungsrat als Leitungsorgan der Stiftung Katholische Universität Eichstätt-Ingolstadt wird von der Freisinger Bischofskonferenz gewählt – gemäß der Stiftungsverfassung für eine Amtszeit von vier Jahren.

Zum neuen Stiftungsratsvorsitzenden haben die bayerischen Bischöfe und Weihbischöfe mit Bekanntgabe am 24. Oktober 2024 den ehemaligen bayerischen Ministerpräsidenten und Bundesminister a.D. Horst Seehofer gewählt. Der Ingolstädter kann auf eine reiche politische Karriere zurückblicken. 28 Jahre lang war er Mitglied des Deutschen Bundestages. Vier Bundesregierungen gehörte er als Minister an: angefangen im Ressort Gesundheit von 1992 bis 1998, von 2005 bis 2008 dann als Bundesminister für Ernährung, Landwirtschaft und Verbraucherschutz und schließlich von 2018 bis 2021 als Bundesinnenminister. Von 2008 bis 2018 war der CSU-Politiker Bayerischer Ministerpräsident.

Gemäß der Stiftungsverfassung zählt der Stiftungsrat insgesamt zehn Mitglieder:

Mitglied kraft Amtes

Aufgrund des Rücktritts von Bischof Gregor Maria Hanke OSB zum 8. Juni 2025 ist der Bischofsstuhl der Diözese Eichstätt vakant.

Am 13. Juni 2025 wurde Herr Dompropst Alfred Rottler zum Diözesanadministrator gewählt. Er hat damit die Leitung der Diözese Eichstätt für die Dauer der Vakanz des bischöflichen Stuhls übernommen. Damit wird er auch für diese Zeit die Aufgaben des emeritierten Bischofs Gregor Maria Hanke OSB im Stiftungsrat der Stiftung Katholische Universität Eichstätt-Ingolstadt übernehmen.