Ein vergleichbares Angebot habe es Mitte der 1990er Jahre nirgends gegeben, erklärte Prof. Dr. Günter Neubauer von der Universität der Bundeswehr München, der die AKM mitgegründet hat. Der Bedarf an einer solchen Ausbildung sei aber groß gewesen. "Krankenhäuser seien lange nur verwaltet worden", so Prof. Leo Schuster, der als erster gewählter Dekan der Wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät auch Gründungsmitglied der AKM war. Mit der Umsetzung des Krankenhausfinanzierungsgesetzes sei der Bedarf an Managern und Betriebswirtschaftlern an Krankenhäusern dann jedoch gestiegen – in diese Lücke stieß die AKM. Zu den Initiatoren der Akademie gehörte auch der damalige Geschäftsführer des Klinikums Ingolstadt, Michael Herrler, der als Schatzmeister der AKM fungierte.
Das Konzept habe sich bewährt und im Lauf der Zeit Nachahmer gefunden. So wurde schließlich entschieden, die AKM aufzulösen. Diese hat ihr Vereinsvermögen nun zu gleichen Teilen der FH Osnabrück, einem zweiten Standort der AKM, und der Wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät gespendet. Es soll unter anderem für Stipendien oder zur Unterstützung von Promovenden eingesetzt werden.