In Zeiten massiver Studentenproteste wurde er 1971 zum Rektor der Universität München gewählt, die er bis 1982 leitete. Im Februar 1984 wählte ihn die Katholische Universität Eichstätt zu ihrem Präsidenten (Wiederwahl 1990), er hatte das Amt bis 1996 inne. In seiner Amtszeit trieb er den Ausbau der KU weiter voran: So wurde unter Lobkowicz’ Federführung die Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät Ingolstadt aufgebaut und 1994 das von ihm initiierte Zentralinstitut für Mittel- und Osteuropastudien (ZIMOS) gegründet, dessen Direktor er bis zum Frühjahr 2011 war und nun Ehrenvorsitzender der Institutsversammlung ist. In seinem Glückwunschschreiben an Lobkowicz unterstreicht der Präsident der KU, Prof. Dr. Andreas Lob-Hüdepohl, das außerordentliche persönliche Engagement des Jubilars, ohne das diese richtungsweisenden Entwicklungsschritte der KU nicht hätten erfolgen können. Deshalb sei die KU ihrem ehemaligen Präsidenten zu großem Dank verpflichtet.
Nach dem Fall des Eisernen Vorhangs war Lobkowicz ein gefragter Ratgeber in Polen und seiner tschechischen Heimat. Papst Johannes Paul II. berief ihn von 1982 bis 1993 in den Internationalen Päpstlichen Rat der Kultur. Professor Lobkowicz ist Ehrendoktor der University of Notre Dame, der Wayne State University (Detroit), der Sung Kyun Kwan University (Seoul), der Ukrainischen Freien Universität (München), der Catholic University of Washington sowie der Karls-Universität Prag. Zudem wurde Lobkowicz mit zahlreichen kirchlichen und weltlichen Auszeichnungen gewürdigt: Er ist Ritter des Ordens vom Goldenen Vlies und Träger des Komturkreuzes des Gregoriusordens sowie des Souveränen Malteserordens. Er erhielt die Verdienstorden des Freistaates Bayern und der Republik Senegal. Die Stadt München ehrte ihn mit der Ludwig Thoma Medaille. Lobkowicz ist Ehrenbürger der Stadt Dallas (Texas) sowie Träger des Bundesverdienstkreuz 1. Klasse und des Masaryk-Ordens der Tschechischen Republik.