Anschließend war er bis 1974 Assistent am Seminar für Deutsche Philologie der Universität München, darauf bis 1982 Assistent bei Professor Eckhardt Heftrich an der Universität Münster. In dieser Zeit forschte er insbesondere zum Werk des Schriftstellers Grimmelshausen und wurde Gründungsmitglied sowie Geschäftsführer der Grimmelshausen-Gesellschaft, deren Vizepräsident er derzeit ist. Von 1975 bis 1980 arbeitete Wimmer an seiner Habilitation über das Jesuitentheater des 16. und 17. Jahrhunderts. Als Gastprofessor für Neuere deutsche Literatur lehrte und forschte er ab 1980 an der französischen Universität Saint-Etienne, 1982 wurde er als Professor für Neuere deutsche Literatur nach Eichstätt berufen. Einen wissenschaftlichen Schwerpunkt Wimmers bilden das Leben und Werk von Thomas Mann.
Ruprecht Wimmer war von 1983 bis 1985 Dekan der Sprach- und Literaturwissenschaftlichen Fakultät der KU. Als Nachfolger von Nikolaus Lobkowicz wurde Wimmer 1996 zum Präsidenten der Katholischen Universität gewählt, seine zweite Amtszeit dauerte von 2002 bis 2008. Ruprecht Wimmer ist seit 1999 Mitglied der Europäischen Akademie der Wissenschaften und Künste. Er erhielt 2002 die Ehrendoktorwürde der Universität Oradea (Rumänien). Wimmer war von 1994 bis 2006 Präsident der Deutschen Thomas-Mann-Gesellschaft. Vor kurzem wurde Wimmer für fünf Jahre als Experte in die vatikanische Agentur AVEPRO berufen, die dazu dienen soll, Qualität in Forschung und Lehre an katholischen akademischen Einrichtungen zu sichern und im Bereich der katholischen Kirche adäquate internationale Standards und Abschlüsse in der akademischen Ausbildung zu erreichen.