Selbst wenn der Haushaltsansatz des Wissenschaftsministeriums unverändert bleibe, werde sich durch die aus diesem Etat finanzierte Erhöhung der BAföG-Sätze sowie durch die Preissteigerung eine faktische Kürzung ergeben müssen. „Als Katholische Universität ist unsere Finanzierung zwar im Konkordat zwischen Freistaat und Kirche festgeschrieben, jedoch dürfen wir aus gutem Grund durch das Konkordat in der finanziellen Ausstattung nicht besser gestellt werden als staatliche Universitäten. Somit würde auch die KU unmittelbar von Kürzungen betroffen sein“, so Lob-Hüdepohl. Zudem sehe er auf Seiten des kirchlichen Trägers keine Möglichkeit zur Kompensation, da dieser bereits jetzt ein Drittel des rund 50 Million Euro umfassenden jährlichen Haushaltes der KU aufbringe.
Wie es in dem Brief der Universität Bayern e.V. heißt, sind die Präsidentinnen, der Rektor und die Präsidenten der bayerischen Universitäten und Hochschulen für Angewandte Wissenschaften auf Grund des Kabinettsbeschlusses vom 27. September 2010 „hochgradig besorgt, dass die bayerischen Universitäten und Hochschulen für Angewandte Wissenschaften alsbald nicht mehr in der Lage sein werden, die für die Zukunftsfähigkeit des Freistaats dringend benötigte Ausbildung hochqualifizierter Absolventen zu leisten.“ Das sorgfältig austarierte System aus Leistungen des Freistaats und Gegenleistungen der Universitäten und Hochschulen für Angewandte Wissenschaften drohe aus dem Gleichgewicht zu geraten.