Im Vergleich zur bisherigen Stiftungsverfassung ergeben sich einige grundlegende Änderungen. Vorsitzender des Stiftungsrates – dem höchsten Gremium der Stiftung – sowie Magnus Cancellarius der KU ist ab 1. Oktober der Vorsitzende der Freisinger Bischofskonferenz. Der Bischof von Eichstätt, der diese Funktionen bislang wahrnahm, ist weiterhin Mitglied im Stiftungsrat sowie stellvertretender Großkanzler der KU. „Dies unterstreicht, dass die KU von unserem Träger als Gemeinschaftsprojekt der bayerischen Bistümer gesehen wird“, so Professor Lob-Hüdepohl. Der feierliche Wechsel im Amt des Vorsitzenden des Stiftungsrates bzw. des Magnus Cancellarius vom Bischof von Eichstätt auf den Erzbischof von München und Freising wird am 15. November im Rahmen des Dies academicus der KU erfolgen.
Der Präsident der Universität wird laut neuer Stiftungsverfassung dem Stiftungsrat als beratendes Mitglied angehören. Ein Vertreter des Stiftungsrates wird ebenfalls ohne Stimmrecht an den Sitzungen des Hochschulrates der KU teilnehmen. Während der Stiftungsvorstand, welcher die Geschäfte der Stiftung führt und Beschlüsse des Stiftungsrates vollzieht, bislang von einem Kollegialorgan gebildet wurde, besteht er künftig nunmehr aus einer Person. Der Personalrat der KU wird mit einer Übergangsfrist von einer so genannten Mitarbeitervertretung abgelöst werden.
Außerdem werden in der Stiftungsverfassung Grundsätze für die Wahl des Universitätspräsidenten formuliert, die in eine entsprechende Wahlordnung der KU einfließen werden. Die Universität leitet demnach der Stiftung die eingegangenen Bewerbungsunterlagen zu und macht Vorschläge für Kandidatinnen und Kandidaten. Auf Grundlage dieser und gegebenenfalls eigener Vorschläge wird durch die Stiftung ein mehrere Personen umfassender Wahlvorschlag erstellt. Die eigentliche Wahl des neuen Präsidenten obliegt dann dem Hochschulrat der Universität. Dessen Entscheidung ist dann bindend. Präsident Lob-Hüdepohl hält dieses Verfahren im Sinne einer doppelten Legitimation für einen zukunftsweisenden Schritt: „Universität und Stiftung wirken konstruktiv zusammen. Der Träger ist von Anfang maßgeblich in das Verfahren eingebunden. Die Wahl als letzten Schritt vollzieht dann ein Kollegialorgan der Universität.“