Mit zahlreichen Publikationen gestaltete er den wissenschaftlichen Diskurs im Bereich Theologie und Gesellschaft mit. Besonders verbunden ist Gläßer auch der Ökumene: 17 Jahre lang war er Diözesanbeauftragter für ökumenische Fragen sowie Vorsitzender der Ökumenischen Kommission des Bistums Eichstätt. Viele Jahre gehörte er der bayerischen und der deutschen Ökumenekommission sowie der Arbeitsgemeinschaft christlicher Kirchen an. Innerhalb des Bischöflichen Ordinariates Eichstätt war Alfred Gläßer für das damalige Referat „Andere Kirchen und kirchliche Gemeinschaften" in der Zentralstelle verantwortlich. Als gewähltes Mitglied nahm er an der Würzburger Synode (1971 bis 1975) teil und leitete auch den diözesanen Arbeitskreis Synode. Seit 1994 ist der Jubilar Geistlicher Beirat der Kirchenzeitung für das Bistum Eichstätt.
Gläßer ist nach wie vor an theologischen Fragen interessiert und hat erst im vergangenen Jahr eine neue Monographie veröffentlicht. Sie trägt den Titel: „Weltverständnis und Glaube“ und ist in der Reihe „Extemporalia“ beim EOS-Verlag St. Ottilien erschienen. Anliegen des Buches ist zu zeigen, „dass diese Welt und die Welt des Glaubens eine Ganzheit bilden. Es will zum Engagement in beiden Bereichen des Seins und Lebens des Menschen motivieren.“