Als Ständiger Stellvertreter des Bischofs im Stiftungsrat (1972 – 1983) war er zudem von Anfang an maßgeblich am Ausbau der Kirchlichen Gesamthochschule zur Katholischen Universität Eichstätt beteiligt. „Wir werden Dompropst Prof. Dr. Josef Lederer ein ehrendes Andenken bewahren. Die Katholische Universität war und ist auf das persönliche Engagement von Persönlichkeiten wie Professor Lederer angewiesen und ist dankbar für sein Wirken“, sagte KU-Präsident Prof. Dr. Andreas Lob-Hüdepohl.
Lederers Einsatz für die Diözese und die Hochschule, sein Wirken als Seelsorger und als Wissenschaftler hatte Papst Johannes Paul II. mit dem nur sehr selten verliehenen Titel „Apostolischer Protonotar“ geehrt. Der Staat würdigte sein Wirken mit dem Verdienstkreuz am Band des Verdienstordens der Bundesrepublik Deutschland und mit dem Bayerischen Verdienstorden. Die Stadt Eichstätt verlieh ihm die Bürgermedaille.