Eifler studierte Soziologie, Psychologie und Erziehungswissenschaft an den Universitäten Bonn, Köln und Bielefeld. Es folgten Forschungsaufenthalte an den Universitäten Warschau und Essex. Sie wurde 1997 an der Universität Bielefeld promoviert und habilitierte sich dort 2004. Eifler übernahm Lehrstuhlvertretungen an den Universitäten Konstanz, Halle und Gießen im Bereich der Methoden der empirischen Sozialforschung und Statistik. Ende 2009 folgte Stefanie Eifler einem Ruf der Universität Halle auf den Lehrstuhl für Quantitative Methoden in den Sozialwissenschaften.