Von 2002 bis 2005 leitete Stojanov ein DFG-Projekt, welches sich mit der konzeptuellen Entwicklung eines anerkennungstheoretischen Bildungsbegriffs befasste und in Kooperation mit dem Frankfurter Institut für Sozialforschung durchgeführt wurde. 2004/2005 war Stojanov als Visting Scholar an der New School for Social Research, New York, tätig. Im Jahr 2006 und 2007 wirkte er als DAAD-Gastdozent an der Universität Sofia sowie an der Neuen Bulgarischen Universität Sofia. Ab Oktober 2008 war er Professor für Bildungstheorie und Bildungsphilosophie an der Universität der Bundeswehr München, bis er im April 2012 zum Professor für Systematische Pädagogik/ Bildungsphilosophie an der KU ernannt wurde.
Zu den zentralen Forschungsgebieten Stojanovs zählen die (analytische) Bildungsphilosophie, sowie die Kategorien der Bildung und der Gerechtigkeit. In seiner Freizeit ist er begeisterter Bergsteiger.