In den anschließenden üblichen Verhandlungen zwischen dem Gewählten und dem Träger, der Stiftung Katholische Universität Eichstätt, konnte völlig überraschend und trotz Gesprächen im Vorfeld keine Einigkeit über die Bedingungen für das Kommen Hütters erzielt werden.
Zum Schutz der KU konnte der Träger die von Hütter verlangten persönlichen Konditionen nicht akzeptieren. Unter anderem weitgehende Pensionsforderungen und die Bedingungen zur Errichtung eines Stiftungslehrstuhls ad personam, der Hütter nach einem Ablauf der Präsidentschaft bis zu seiner Emeritierung garantiert werden sollte, hätten massive Auswirkungen auf die finanziellen Ressourcen der gesamten Universität gezeitigt. Der Träger war nicht bereit, die daraus folgenden Einschränkungen für Wissenschaft und Lehre in anderen Bereichen der Hochschule hinzunehmen. Zudem hätten eindeutige hochschulrechtliche Vorgaben nicht eingehalten werden können.
Nach der rechtlichen Situation ist nun eine Neuwahl des Präsidenten erforderlich. Bis zu diesem Wahlverfahren muss die Position erneut interimistisch besetzt werden. Der Hochschulrat als das Wahlgremium wird die eingetretene Sachlage in einer Sitzung am 4. Juni 2009 erörtern.
Der Sprecherrat des Studentischen Konvents an der KU schreibt in einer Stellungnahme:
"Bezug nehmend auf den Rückzug des gewählten Präsidenten der Katholischen Universität Eichstätt-Ingolstadt Prof. Dr. Reinhard Hütter möchte sich der studentische Konvent ganz klar hinter die Entscheidung des Trägers stellen, der ganz im Sinne der Universität entschieden hat. Die exorbitanten Forderungen lassen uns Studierende gerade bei einem erst jüngst konvertierten katholischen Theologen an seiner Auslegung, vielmehr aber noch an seiner Verinnerlichung des ,K´s' zweifeln. Die Tatsache, dass Herr Hütter nicht der Wunschkandidat der Mehrheit der Studierenden ist, wurde bereits artikuliert. Die heutigen Vorfälle bestätigen nun vollends unsere Vorbehalte gegenüber dem Kandidaten. Wir sind betroffen von der Tragweite der Situation, sind uns aber darüber im Klaren, dass ein Amtsantritt Herrn Hütters der Universität letztendlich mehr geschadet hätte als das sich nun abzeichnende ,Desaster'. Wir hoffen, dass sich die prekäre Situation bald möglichst löst und der Universitätsbetrieb baldigst zu einem gewohnten Gang zurückfindet."