Günter Harrer war von 1978 bis zum Eintritt in seinen Ruhestand 2004 in der Verwaltung der Universität tätig und blieb der KU auch nach seinem Ruhestand durch ehrenamtliche Tätigkeit verbunden. Seine berufliche Laufbahn begann er als Verwaltungshauptsekretär noch zu Zeiten der Gesamthochschule Eichstätt, die 1980 zur Universität erhoben wurde. Harrer war im Laufe seiner Tätigkeit an der KU in verschiedenen Bereichen tätig, unter anderem zuständig für die Themen Hochschulstatistik und Versicherungswesen. Er kümmerte sich um Abrechnungen von Reisekosten, Gastvorträgen und Exkursionen und war Vertreter des Registrators. 1983 wurde er zum Verwaltungsamtsinspektor befördert.
Die Belange der Beschäftigten der Universität waren Günter Harrer ein Herzensanliegen. Von 1980 an war er Vorsitzender des Personalrats der KU – und blieb es insgesamt 16 Jahre lang. Auch nach Eintritt in seinen Ruhestand hielt Günter Harrer engen Kontakt zur KU. Denn bereits 1995 hatte er ehrenamtlich die Funktion des Geschäftsführers in der Eichstätter Universitätsgesellschaft übernommen. 25 Jahre lang führte er die Geschäfte dieses Fördervereins.