Sie bekräftigten dabei die epochemachenden Neuansätze des Zweiten Vatikanischen Konzils (1962-1965) für das Selbstverständnis der katholischen Kirche, für ihr Verhältnis zu den anderen christlichen Kirchen, zu den nichtchristlichen Religionen und zur modernen Welt insgesamt. Gleichzeitig stellten sie sich den aktuellen Herausforderungen für die katholische Kirche, die ein produktives Weiterdenken auf der Grundlage des Konzils nötig machen. In einer Schlusserklärung wird betont, die auf der Würde des Menschen basierenden Menschenrechte müssten um der Glaubwürdigkeit der Kirche willen innerkirchlich umgesetzt werden. Es gelte, das Bedingungsverhältnis von Glaube und Freiheit ernst zu nehmen und in diesem Sinn unter den heutigen globalen Bedingungen Konfessionen, Religionen und Weltanschauungen umfassende Allianzen zugunsten von freiheitlichen Lebensbedingungen zu suchen.
Der Kongress bekennt sich zum „unverzichtbaren wissenschaftlichen Lehramt“ der Theologie; diese solle das interdisziplinäre Gespräch mit allen Wissenschaften und der gelebten Praxis des Glaubens suchen. Im Blick auf die Kirche plädieren die Theologinnen und Theologen für Synodalität als Strukturprinzip. Diese müsse rechtlich umgesetzt und einklagbar sein sowie auf allen kirchlichen Ebenen konkret eingeübt werden. Das Zweite Vatikanische Konzil habe erstaunliche ökumenische Entwicklungen ermöglicht. Jetzt komme es darauf an, die methodische Reflexion im ökumenischen Dialog und eine ökumenische pastorale Praxis zu fördern. Die Schlusserklärung enthält auch eine klare Absage an jede Art von Antisemitismus und Fremdenfeindlichkeit und wendet sich gegen Fundamentalismus und religiöse Selbstisolierung: Es gelte, einen „unvoreingenommenen und diskursiven Umgang mit den anderen Religionen“ zu pflegen. Die Dringlichkeit des Gesprächs mit der säkularen Öffentlichkeit habe sich seit dem Konzil dramatisch zugespitzt. Die Eigendynamik der medialen Wirklichkeit sei theologisch besser zu durchdringen und pastoral fruchtbar zu machen.
Beim Münchner Kongress erinnerte Kardinal Karl Lehmann daran, dass die Zeugnisse des Konzils in den letzten fünfzig Jahren ungeheuer viel ausgelöst hätten. Für die Zukunft von Theologie und Kirche sei wichtig, dass die Kirche viel weniger um sich selber kreise, sondern sich selbst auf Gott und die Menschen hin übersteige: „Die missionarische Grunddimension von Kirche muss uns alle mehr inspirieren und in Pflicht nehmen.“
