Während seiner zwölfjährigen Präsidentschaft festigte er nach der Gründungszeit der KU deren Position als selbstverständliches Mitglied sowohl der bayerischen als auch der deutschen Universitäten. „Keiner Ihrer Vorgänger musste so eine Vielzahl an Umbrüchen kreativ umsetzen wie Sie“, würdigte Eichstätts Bischof Gregor Maria Hanke das Wirken Wimmers bei dessen damaliger Verabschiedung aus dem Amt.
Ruprecht Wimmer ist seit 1999 Mitglied der Europäischen Akademie der Wissenschaften und Künste. Er erhielt 2002 die Ehrendoktorwürde der Universität Oradea (Rumänien). Wimmer ist langjähriges Mitglied und derzeitiger Vorsitzender des Hochschulrates an der Universität Vechta.