Im Vergleich zu fossilem Erdgas ergibt sich aus der Nutzung von Biogas eine CO2-Reduzierung um 70 Prozent. Dies bedeutet bezogen auf den jährlichen Gasverbrauch der KU, dass sich der CO2-Ausstoß um rund 120 Tonnen verringert. Für den Liefervertrag wurde festgelegt, dass davon nur Erzeuger aus Deutschland profitieren, die für die Herstellung von Biogas auf Getreide oder Mais verzichten und vorwiegend biologische Abfälle und Reststoffe verwenden. Damit will die KU beispielsweise Monokulturen entgegenwirken, die eigens zur Energieerzeugung angepflanzt werden.
Nicht nur rund um die Wärmeerzeugung setzt die KU auf umweltverträgliche Energieträger, sondern auch für ihren Strombedarf: Seit 2012 erhielt die Universität ihre elektrische Energie bereits aus Wasserkraft. Auf Grundlage einer neuen Ausschreibung bezieht die KU seit 2014 für ihre beiden Standorte zu 100 Prozent Ökostrom aus dänischen Windkraftanlagen. Während der Laufzeit bis Ende dieses Jahres wird die KU damit im Vergleich zum herkömmlichen Strommix über 4100 Tonnen CO2 klimawirksam vermeiden.
Seit 2010 orientiert sich die KU am Leitbild der Nachhaltigkeit. Der Umgang mit der Schöpfung sowie Gerechtigkeit mit Blick auf die folgenden Generationen sind Themen, die sich aus dem Selbstverständnis als katholische Universität ergeben und laut Stiftungsverfassung zudem Teil des Grundauftrags der KU sind. Im vergangenen Jahr erhielt sie als erste Universität in Bayern das EMAS-Zertifikat und wurde im Dezember bereits erfolgreich re-zertifiziert. Die KU hat sich dafür freiwillig einer umfangreichen Überprüfung entsprechend dem „Eco-Management and Audit Scheme“ der Europäischen Union unterzogen. Voraussetzung für die erfolgreiche Zertifizierung durch einen unabhängigen Gutachter waren unter anderem die Entwicklung und Umsetzung eines Umweltmanagementsystems, die aktive Beteiligung der Universitäts-Angehörigen in diesem Prozess und die Verpflichtung zu regelmäßigen Überprüfungen, um das Zertifikat weiterhin nutzen zu dürfen. Der KU ist das Thema Nachhaltigkeit jedoch nicht nur ein Anliegen im Hinblick auf die Einhaltung von Vorschriften in den Bereichen Umwelt- und Arbeitsschutz. Zu den künftigen Handlungsfeldern zählen auch die Weiterbildung von Uni-Angehörigen sowie die Förderung von Forschung und Lehre rund um das Thema Nachhaltigkeit. Außerdem hat die KU das „Netzwerk Hochschule und Nachhaltigkeit Bayern“ wesentlich mitinitiiert, welches von der Deutschen UNESCO-Kommission ausgezeichnet wurde.