Reiter wurde am 5. Januar 1926 in Hilpoltstein geboren. 1953 weihte ihn der damalige Bischof Dr. Joseph Schröffer in Eichstätt zum Priester. Reiter war zunächst Pfarrvikar in Monheim, danach bis 1960 Direktor des Bischöflichen Knabenseminars St. Wunibald in Eichstätt und zugleich von 1958 bis 1960 Archivar des Ordinariatsarchivs. Zudem unterrichtete er von 1956 bis 1960 als Religionslehrer am Humanistischen Gymnasium in Eichstätt. 1960 wurde er zu weiterführenden Studien in Bonn beurlaubt, die er 1963 mit der Promotion abschloss.
1964 übernahm Ernst Reiter die Professur für Kirchengeschichte an der Philosophisch-Theologischen Hochschule in Eichstätt – der späteren Katholischen Universität. Zunächst hatte er das Fach vertretungsweise inne, ab 1968 bis zu seiner Emeritierung 1991 war er Ordinarius für Mittlere und Neue Kirchengeschichte. Reiter galt in seinen wissenschaftlichen Spezialgebieten als gefragter Experte: Vor allem widmete er sich der Reformationsgeschichte, der Kirchengeschichte während des Dritten Reichs und der Eichstätter Diözesangeschichte. Darin hatte er sich in zahlreichen Veröffentlichungen weit über den universitären Bereich hinaus einen Namen gemacht.
Verbunden war Ernst Reiter auch der Ökumene: Rund zehn Jahre lang war Reiter Diözesanbeauftragter für Ökumene bzw. Vorsitzender der Ökumene-Kommission des Bistums. Von 1983 bis 2015 war er zudem Spiritual für die Benediktinerinnen der Abtei St. Walburg. Von Bischof Gregor Maria Hanke wurde er 2010 in die Historikerkommission des Seligsprechungsverfahrens für Pater Jakob Rem berufen. Seinen Ruhestand verbrachte er im Caritas-Seniorenheim St. Magdalena in Greding.