Unter anderem leitet er seit vergangenem Jahre das vom Bundesverkehrsministerium geförderte Forschungsprojekt „RadLast“, in dem die Potenziale von Lastenfahrrädern für die letzte Etappe von Waren auf dem Weg zum Kunden analysiert werden. Darüber hinaus beschäftigt sich Fontaine mit Themen der Netzwerkplanung, der Routenoptimierung und des Supply Chain Management.
Pirmin Fontaine studierte Mathematik mit Nebenfach Informatik und Wirtschaftswissenschaften an der der TU München und verbrachte ein Auslandsjahr an der Informatikfakultät der Chalmers Tekniska Högskola im schwedischen Göteborg. Anschließend promovierte am Lehrstuhl für Logistik und Supply Chain Management der TUM School of Management. In seiner Dissertation beschäftige er sich mit effizienten Algorithmen für hierarchische Entscheidungsprozesse im Logistik- und Transportbereich. Die Gesellschaft für Operations Reserach (GOR e.V.) zeichnete ihn 2017 dafür mit ihrem Dissertationspreis aus. Während der Promotion kooperierte er mit Forschern des CIRRELT, einem der weltweit führenden Forschungszentren im Bereich Operations Research und Logistik, im kanadischen Montreal und wechselte anschließend für ein Jahr als Postdoc an die Université du Québec à Montréal und das CIRRELT bevor er wieder an die TU München zurückkehrte.