Vor 50 Jahren, am 23. Juli 1967 weihte ihn der damalige Augsburger Bischof Dr. Josef Stimpfle zum Priester. Neben seiner pastoralen Aufgabe pflegte Schmuttermayr vor allem seine wissenschaftliche Berufung. 1971 erfolgte mit der Habilitationsschrift „Studien zur hebräischen Basis DBR I“ die Habilitation für das Fach „Altes Testament“ und die Ernennung zum Privatdozenten, im gleichen Jahr die ordentliche Vertretung der Professur für Biblische Einleitungs- und Hilfswissenschaften an der PTH Bamberg, Im Jahr 1974 wurde er Inhaber des Lehrstuhls „Biblische Theologie (Einleitungswissenschaft)“ an der Universität Regensburg und blieb es 27 Jahre lang. Prof. Dr. Joseph Ratzinger war sein Berufungsdekan.
Nach der Ernennung zum Bischöflich Geistlichen Rat 1983 durch Bischof Stimpfle wurde er 1984 als Domkapitular des Bistums Augsburg berufen, unter Beibehaltung seiner Professur in Regensburg und seiner seelsorglichen Tätigkeit in Erlkam. Von 1997-1999 übte er das Amt des Dekans der Katholisch-Theologischen Fakultät der Universität Regensburg aus. Als Regensburger Lehrstuhlinhaber emeritierte er im Jahr 2001, als Augsburger Domkapitular trat er 2002 in den Ruhestand. Auch danach nahm er noch auf Weltkirchenebene Verantwortung wahr: 2004-2014 war er Konsultor der vatikanischen Kleruskongregation, berufen durch die Päpste Johannes Paul II. und Benedikt XVI.
Er erhielt alle drei päpstlichen Ehrentitel, die ein Priester erhalten kann: 1986 wurde er zum Kaplan Seiner Heiligkeit (Monsignore) ernannt, 1990 zum Päpstlichen Ehrenprälaten und im Jahr 2007 erfolgte die Ernennung zum Apostolischen Protonotar durch Papst Benedikt XVI.
Geehrt wurde Prof. Schmuttermayr außerdem mit dem Bundesverdienstkreuz am Bande des Verdienstordens der Bundesrepublik Deutschland (1997), mit der Goldenen Stadtmedaille der Stadt Pfaffenhofen a.d. Ilm (2000), der Aufnahme als Ordentl. Mitglied der Klasse Weltreligion der Europäischen Akademie der Wissenschaften und Künste (2005) und dem Bayerischen Verdienstorden (2014).