Niggl wurde am 12. Juli 1934 in Augsburg geboren, wo er aufwuchs und das Abitur ablegte. Nach seinem Studium der Fächer Germanistik, Geschichte und Katholische Theologie promovierte er in München über das Thema „Fromm bei Goethe“ – der Weimarer Dichter beschäftigte ihn zeitlebens. Nach seiner Habilitation über „Die deutsche Autobiographie im 18. Jahrhundert“ folgten wissenschaftliche Stationen in Trier, Regensburg, Freiburg und München, ehe er 1977 den Ruf an die damalige Kirchliche Gesamthochschule Eichstätt annahm. Bis zu seiner Emeritierung 2002 lehrte und forschte Günter Niggl an der KU.
Seine wissenschaftlichen Schwerpunkte waren neben seinen Arbeiten zu Goethe, zur deutschen Klassik und zur Biedermeierzeit insbesondere seine Forschungen zur Autobiographie. Auf seine Initiative hin wurde 1993 der spätere Nobelpreisträger Peter Handke mit der Ehrenpromotion der Fakultät ausgezeichnet. Bis zuletzt arbeitete Günter Niggl an einer Monographie mit dem Titel „Die Auseinandersetzung deutscher Autoren des späten 18. Jahrhunderts mit antiker Dichtung“ – und suchte dafür auch immer wieder die Universitätsbibliothek auf. Sicherungskopien des entstehenden Werks habe Niggl ihm mehrfach übergeben, berichtet Prof. Dr. Thomas Pittrof, der dem Germanisten 2002 als Lehrstuhlinhaber nachfolgte. „Er hat an dem Buch wohl bis wenige Tage vor seinem Tod gearbeitet. Wenn wir uns begegneten und er von seiner Arbeit berichtete, leuchtete aus seine Augen noch immer so etwas wie ein 'jugendliches Feuer' – seine Begeisterung für die Hoch-Zeit der deutschen Klassik war ungebrochen", so Pittrof.
Im Alter von 90 Jahren ist Günter Niggl am 8. Februar 2025 verstorben. Die Katholische Universität Eichstätt-Ingolstadt wird ihm ein ehrendes Andenken bewahren.