Während seiner Zeit an der KU veröffentlichte er unter anderem eine Edition der "Geschichte der Eichstätter Bischöfe des Anonymus Haserensis". Zudem organisierte er die Tagung „Hl. Willibald - Klosterbischof oder Bistumsgründer". Im Jahr 2010 erschien ein Band zur mittelalterlichen Eichstätter Bistumsgeschichte, der sechs Beiträge von Weinfurter aus den Jahren 1987 - 1992 bündelt.
Einem größeren Publikum wurde der Wissenschaftler, der nach seiner Zeit in Eichstätt in Mainz, München und Heidelberg lehrte und forschte, durch seine Mitarbeit an der ZDF-Serie "Wir Deutschen" bekannt. Seit den 1990er Jahren war er an zahlreichen großen Ausstellungen beteiligt, etwa zu den Saliern, zum Herrschergeschlecht der Wittelsbacher oder 2017 zur großen Mannheimer Ausstellung über die Geschichte des Papsttums.