Knoll absolvierte von 2010 bis 2016 den deutsch-französischen Bachelor- und Masterstudiengang Politikwissenschaft in Eichstätt sowie an Hochschulstandorten in Rennes und Aix-en-Provence. Nach dem Abschluss blieb er zunächst an der KU und arbeitete bis 2020 als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl für Vergleichende Politikwissenschaft von Prof. Dr. Klaus Stüwe. Insbesondere die deutsch-französischen Beziehungen waren Thema seiner Lehrveranstaltungen. Andere Seminare beschäftigten sich mit „Politik und Satire“, der „Inszenierung von Wahlsiegen" oder „Politik als Beruf“.
Als Referent im Abgeordnetenbüro des damaligen bayerischen Bau- und Verkehrsministers Hans Reichhart sammelte Knoll noch während seiner Zeit an der KU selbst erste Berufserfahrungen in der Politik. Seine weiteren Stationen führten über den Stadtrat seiner bayerisch-schwäbischen Heimatstadt Höchstädt und den Dillinger Kreistag bis in den Bayerischen Landtag, dem Manuel Knoll seit Oktober 2023 angehört. Als Landesvorsitzender der Jungen Union Bayern ist er Sprachrohr des Parteinachwuchses.
Das neue Ressort in der bayerischen Staatsregierung für Jugend und Demokratie soll eine Reaktion auf den seit längerer Zeit zu beobachtenden Zuspruch junger Leute für Parteien an den extremen Rändern, hieß es seitens der Staatsregierung. Mit dem Zuschnitt des Ministeriums sollten die Themen Jugend und Demokratie in der Staatsregierung eigenständig gebündelt werden. Manuel Knoll sagte in einem Interview mit der “Augsburger Allgemeinen”, er freue sich auf die neue Aufgabe und habe zugleich großen Respekt. Er wolle künftig für eine Politik der Mitte bei jungen Menschen werben. „Zugleich werde ich Fürsprecher der Jugend im bayerischen Kabinett sein“, so Knoll.
