Während sich das Fach Landesgeschichte in erster Linie über den zu analysierenden Raum definiert, steht bei dem Fach Geschichte der Frühen Neuzeit der zeitliche Zuschnitt im Vordergrund. Die Frühe Neuzeit behandelt die drei Jahrhunderte zwischen 1500 und 1800, in denen sich zentrale historische Entwicklungsprozesse vollzogen haben. Hierzu gehören etwa die Reformation und Konfessionalisierung oder der Übergang des Herrschaftskonzepts der Universalmonarchie zu einem auf Gleichrangigkeit basierenden europäischen Staatensystem. Zugleich wandelt sich das Wissenschaftsbild, das sich von der Theologie emanzipierte und im Zuge der Aufklärung eine empirisch orientierte Wissenskultur hervorbrachte. Insgesamt ist die Frühe Neuzeit gekennzeichnet durch eine grundsätzliche, spannungsreiche und damit sehr erkenntnisreiche Ambivalenz. Einerseits gibt es verschiedene, in die Moderne weisende Elemente, wie die Entstehung einer druckbasierten Medienöffentlichkeit oder den Aufbau eines staatlichen Verwaltungsapparates. Andererseits sind hier viele (für den heutigen Betrachter) fremdartige Phänomene, wie die Hexenverfolgungen oder die auf soziale Unterscheidungsmerkmale bedachte Ständegesellschaft, zu beobachten. Diese Doppelgesichtigkeit sowie die Komplexität der Zeit zwischen Mittelalter und Moderne kann aufgrund der expandierenden Verwendung der Hand- und Druckschriftlichkeit mit oftmals umfassenden Quellenmaterial erforscht werden.

Im Mittelpunkt des Faches Landesgeschichte steht die historische Entwicklung der deutschen Länder aus politik-, wirtschafts-, kultur- und sozialgeschichtlicher Perspektive. Sie beschreibt in Eichstätt den Entwicklungsgang derjenigen historischen Territorien, die im heutigen Freistaat Bayern aufgegangen sind. Dabei unterliegt das "Land Bayern" einem ständigen Wandel: Nicht nur die Grenzen variieren im historischen Verlauf, auch wir, die historisch fragenden Studenten/Innen und Dozenten/Innen, verändern bei unseren Forschungen jeweils die räumlichen Zuschnitte. Der Raum, dessen historische Entwicklung wir beobachten, orientiert sich nicht immer an den modernen Grenzziehungen des Freistaates Bayern. Durch die Erforschung von räumlich wirksamen Faktoren auf die Felder der Politik, Wirtschaft oder Gesellschaft stehen vielmehr auch strukturelle Raumbildungsprozesse im Mittelpunkt. Auf diesem Wege entdecken wir etwa Reichslandschaften oder jüdische Landschaften, die nicht von landesstaatlichen Zusammenhängen geprägt sind. Die Geschichte Bayerns in Räumen zu denken, beinhaltet ferner die Einsicht in die Gestaltbarkeit der verschiedenen historischen Landschaften. Franken, die Oberpfalz, der Bayerische Wald, Schwaben, das Allgäu oder Ober- und Niederbayern sind keine naturgegebenen, unveränderlichen Regionen, sie sind vielmehr das Ergebnis einer langen mentalen Aktualisierung.